基因测序仪EMC是最高等级的系统工程。荧光成像的CCD/CMOS相机及其制冷单元需独立屏蔽舱和独立线性电源。激光激发光源的驱动电源需极低噪声。微流控芯片的温度控制采用分布式多点传感器和PID控制器,传感器信号使用差分传输并屏蔽。精密位移平台如压电陶瓷或线性电机的驱动线使用同轴屏蔽线。整机采用模块化电磁屏蔽设计,各模块间通过光纤通信互联。机房需配备净化电源和良好的接地系统。